揚州水產運輸聯盟

微生物16S測序解決方案—樣品提取篇

GENEWIZ金唯智2020-01-22 13:52:44

通過對16S/18S/ITS 等微生物物種特征序列的擴增及高通量測序,結合專業的生物信息分析,可以快速準確地鑒定樣品中微生物( 細菌/ 真菌/古菌/藻類等 )的物種組成和多樣性情況,并同時獲得群落進化關系、物種結構、群落功能等多種生物信息,該方法廣泛應用于微生物種群的多樣性研究。

金唯智采用特有的MetaVX??16S rDNA擴增系統,結合標準化的樣品收集,核酸提取和生物分析流程,可以最大程度展現樣品中微生物種群的多樣性,是一種高效、準確、快捷的微生物分析解決方案。

關于樣品提取


但是,無論是什么樣的解決方案,都是建立在樣品提取的基礎上。如果樣品提取不合格,那么再完美的解決方案也無法解決科研問題。因此,樣本提取是關鍵中的關鍵。對于五大樣品類型,該如何有效提取才能保證實驗結果的準確性呢?

樣品制備之糞便樣品篇

收集樣本:一般對于人的糞便,要求用無菌糞便收集器或其他滅菌器皿收集糞便樣本,要注意即刻進行樣本標記并低溫保存;對于小鼠糞便,分別收取采樣小鼠的糞便,立即進行收取,盡量不要暴露在空氣中太長時間,避免污染和降解。

分裝保存:由于有些樣本取樣不易,因此我們建議一次收集后分裝保存,對于人的糞便,我們建議使用無菌牙簽挑取內部樣本,盡量排除空氣污染及防止樣本降解,使用滅菌離心管分別稱取0.2 g左右的樣本,每個樣本分裝10管左右備用,標記好后即刻放入-80℃保存。當然由于小鼠個體較小,可能糞便樣本不足0.2 g時,我們可以適當將多個生物學重復樣本進行混合,進行保存。

建議:使用GENEWIZ提供的糞便收集器;并且若遇上收集困難或者十分珍貴的樣本,請老師注意備份,避免再次收集耗費更大的人力物力,并且無法保證實驗條件完全一致,導致后續分析無法達到預期。

DNA提?。航ㄗh使用QIAGEN 或GENEWIZ糞便提取試劑盒。

注意事項:糞便樣本提取時注意膽汁酸鹽、復雜多糖等雜質的去除。

樣品制備之土壤篇

樣本收集:取樣區域一般是根據實驗設計進行選擇,建議選取具有代表性的土壤;采樣時使用的所有工具、采集袋或其他物品均要使用已滅菌的;若野外沒有合適的條件進行滅菌處理,可以使用采集的土壤對取樣工具進行擦拭,盡量去除干擾;采集時一般選取 5-10 cm處土壤,去除雜質,將一定量的土壤進行分裝標記,每袋樣品約5 g,密封后立即-20℃保存。

建議:土壤取樣時時常會碰到雜質含量較高,取樣時需要對雜質進行過濾,避免石塊等雜質戳破采集袋等情況的發生,也會給后續提取造成干擾。

提?。航ㄗh使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤試劑盒。

注意事項:土壤樣本提取時含有大量的腐殖酸、重金屬等雜質需處理。

樣本制備之水體環境篇

樣本收集:根據實驗設計確定取樣的深度和范圍,由于水體樣本的特殊性,取樣體積需大于2 L,取樣工具需滅菌處理,采樣后進行濾膜過濾,選擇合適孔徑的濾膜。對于澄清水體或者略渾濁水體,選用0.22 μm或者0.45 μm的濾膜;對于渾濁水體,建議先用大孔徑的濾膜過濾一遍,再用小孔徑的濾膜過濾;水體泥樣的采集提供大于2 g樣本。

建議:由于水體樣本的特殊性,樣本直接保存困難,因此建議一次取樣足夠,一般提取一次需要1-2張濾膜,分裝保存足夠量的濾膜,便于后續實驗的使用。

DNA提?。航ㄗh使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤試劑盒。

注意事項:取樣與提取時,注意樣品的交叉污染。

樣本制備之腸道內容物篇

樣本收集:一般取樣時實驗對象已死亡(動物),需要使用無菌的解剖刀,盡量在無菌狀態下取出整個腸道,將實驗所需的腸段的內容物切下,將內容物取出放置在無菌離心管中,建議分裝保存,便于后續實驗需求,低溫保存運輸;若是無法立即抽提,建議將樣本先置于液氮中冷凍2-4小時以上,保證冷凍充分再轉移到-80℃保存。

建議:由于腸道內容物來源不一,一般來說保存單個樣本取樣量如下:大型動物,如牛、羊500 mg-1000 mg/管;中型動物,如大鼠、家兔 200-1000 mg/管;小型動物,如小鼠 200-500 mg/管;對于腸道內容物較少動物,如魚、 蝦 ≥100 mg/管。為保證實驗順利進行,在采樣允許的情況下,盡量多采集樣品。

DNA提?。航ㄗh使用QIAGEN 或GENEWIZ糞便提取試劑盒。

注意事項:樣本提取時注意膽汁酸鹽、復雜多糖等雜質的去除及內容物的分離。

樣本制備之發酵食品篇

樣本收集:根據實驗設計確定取樣的樣品,由于發酵食品的特殊性,取樣體積需包裝在無菌的密封容器內,取樣工具需滅菌處理。醬油需大于100 mL。

建議:由于樣本的特殊性,因此建議一次取樣做好備份,一般提取一次需要100 mL左右,分裝保存足夠量,便于后續實驗的使用。

DNA提?。航ㄗh使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤試劑盒。

注意事項:醬油類發酵食品,需進行前處理,具體可咨詢GENEWIZ實驗室。

如果您還有其他疑問,可以發送郵件至[email protected]或撥打電話400-8100-669?選項3進行咨詢。

推薦閱讀

三文讀懂PCA和PCoA

Science最新成果,膳食纖維通過有益菌群調節血糖

高通量基因組編輯,助您基因篩選一臂之力

基金申請書提交之前,你需要注意什么?

CRISPR技術近期研究進展,你get了嗎?

那些去年定下的今年要完成的目標,明年能實現嗎?

重大突破:非天然堿基在活細胞中編碼蛋白質!

抗體定制文庫,讓你的抗體研究開啟freestyle!

基因編輯,為異種器官移植帶來希望!

既然“嫁給了微生物”,我們就要Contig Binning到它!

試劑升級后的Pacbio Sequel 建庫及上機策略


科學嚴謹 ?服務卓越

金唯智?專注于基因組研究和基因技術應用


我是魔法師GENE

金唯智的形象大使

秉持財富唯有智慧創造

為您傳遞基因組學服務咨詢

助力您在生命科學領域的研究

辽宁快乐12玩法 期货配资网 pk10网址 二分彩好的购彩方法有吗 江苏7位数官网 网赚钱平台 同化配资 东方6十1奖金是多少 香港最怏开奖现场直播+结果 股市行情走势600744 三肖期期中特准