揚州水產運輸聯盟

關于高通量測序RNA樣品制備,你要知道的那些事

GENEWIZ金唯智2020-08-23 15:43:28

高通量測序樣品準備工作非常重要,若樣品遭到破壞,就很難得到完美的測序結果。上次我們給大家匯總了DNA樣品制備的內容,今天來看看RNA樣品制備需要注意哪些事項呢?

DNA樣品制備指南

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1.樣品選取


與DNA樣品制備不同的是,由于不同發育階段下不同組織部位中的轉錄本及基因表達存在差別,因此在選取樣品時要根據實驗目的選取材料。

植物組織

根據實驗目的選取需要研究的組織部位,優先選取幼嫩組織。取樣后用無菌水沖洗,并用吸水紙吸干樣品表面液體,迅速投入液氮中,-80°C保存,使用干冰運輸。由于RNA較DNA易降解,因此操作要盡快。組織塊不宜太大,易凍存,便于研磨及提取。

動物組織

組織離體后在冰上分割成1~5mm的小塊組織,操作要迅速,并盡可能在冰上進行。動物組織樣品可選擇液氮凍存或RNAlater保存,置于-80°C保存,使用干冰運輸。使用RNAlater保存時務必保證組織被充分浸潤。易降解的組織、臨床腫瘤樣本或在野外采樣不易攜帶液氮時,優先選擇RNAlater保存。

血液樣品

分離好的血細胞建議使用20倍體積TRIzol LS充分裂解后-80°C保存,使用干冰運輸;全血樣品建議使用3倍體積TRIzol充分裂解后寄送。血液樣品中RNA極易降解,反復凍融會造成紅細胞破裂加速降解,因此樣品制備時不建議直接凍存。

細菌/真菌樣品

取5mL以上對數生長期菌液離心,收集菌體后在3min內液氮速凍,干冰運輸。菌類樣品不建議保存于TRIzol裂解液或RNAlater中。

2.提取方法


3.樣品取樣量說明

注:利用PacBio測序技術進行的全長轉錄組,其核酸需求量為普通轉錄組的2~3倍,因此組織樣品量需適當增加。

4.核酸樣品量


5.樣品包裝及注意事項

樣品包裝及送樣注意事項可以參考DNA樣品制備。

1.不要用紗布(樣本易粘附在紗布上)、紙張(低溫凍存易碎)直接包裹樣本,而是用鋁箔或進口凍存管包裝。

2. 在包裹樣本的鋁箔或進口凍存管表面,用油性記號筆標明樣本編號等信息,并且不要與乙醇等有機溶劑接觸。

3.不要用玻璃容器或密封性不好的容器在液氮中保存樣本(玻璃器皿或密封性不好的容器從液氮中取出后會發生爆炸);樣本包裝中不要使用透明膠帶(膠帶在低溫條件下粘性減弱,易掉落)。

4.不要把標簽紙或其他紙制的說明性文件放入樣本袋內,因為紙張在液氮中易碎。

5.不要在一只樣本袋中放過多的樣本,以防無法放入液氮罐或無法從液氮罐中取出。

6.客戶在填寫《樣本信息單》時應當詳細描述樣本的類型、處理方法、儲存條件、儲存時間以及需要進行的檢測類型等相關細節,以便技術人員確定合理的樣本抽提或處理方案。

7.干冰使用量:24小時到達的,干冰數量不得低于5公斤;大于24小時到達的,建議保證每天3公斤的干冰數量。夏季可以適當再多增加部分干冰(平時的 1.5 倍)。

如果您還有其他疑問,可以發送郵件至[email protected],或撥打電話400-8100-669 選項3,我們會有專業的技術人員為您提供咨詢服務。


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