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叮咚!您有一份微生物圣誕gift,請查收!!

奧維森基因科技2020-02-02 16:48:01

“jingle bells, jingle bells, jingle all the way! o what fun it is to ride in a one-horse open sleigh........”Merry Christmas!!各位小伙伴,圣誕快樂??!今年的圣誕節北京依舊沒有雪,圣誕老人可能不來給我們送禮物了( ̄◇ ̄;),但是,沒關系,圣誕老人不來,還有我們?。?!在這里我們為大家送上超棒的干貨-----環境類型樣本如何取樣,抱緊這個圣誕禮物,新的一年實驗肯定會超順利?。?!

微生物組測序--環境類樣本取樣方法

1.土壤


1.1 普通土壤

取樣容器:1.5-50ml離心管

送樣量:擴增子重量≥2g;宏基因組重量≥5g;

1)根據研究設計選擇具有代表性的土壤;

2)采樣所用工具、塑料袋或其他物品都要事先滅菌,或用采取的土壤擦拭;

3)取 5-10cm處土壤,多點采取重量相當的土壤進行混勻,去除雜質后再取一定量土壤裝入無菌管,每個樣品取樣2-10g;

4)密封后用大體積干冰運輸,且要保證我方在收到樣品開箱檢驗時有足夠的干冰剩余。

注意事項:為防止交叉污染,不建議使用自封袋取樣。


1.2 根際土壤

取樣容器:1.5ml-50ml 離心管

送樣量:擴增子重量≥2g;宏基因組重量≥5g;

1)使用的工器具要事先消毒滅菌處理;

2)采集20cm深的根際土壤于50mL的無菌管里,迅速放在液氮里凍存;

3)用20目的篩子過篩,去除植物根、動物殘骸以及其他雜質后分裝到無菌離心管里,每管3~5g,密封后立即-80℃儲存備用。


2. 植物組織



送樣量:擴增子重量≥1g;宏基因組重量≥2g;

1)? 大田或野外獲取的材料;

2)?取材后需用 70%酒精將材料表面的灰塵及泥土沖洗干凈,吸干;

3)?液氮速凍后,放入預冷的 50ml 離心管或是封口袋中,用大體積干冰運輸。

注意事項:優先選用新鮮采集的樣品送樣;根,莖,果實組織較大時,切碎后送樣。


3. 植物根表面


取樣容器:1.5-50ml離心管

1)將所研究的物體放在事先滅好的無菌容器當中;

2)加入PBS緩沖液后進行振蕩,使得微生物從物體表面充分的脫落并聚集在PBS緩沖液當中,震蕩至少2h以上;

3)直接提取PBS緩沖液中的微生物或者將緩沖液用濾膜過濾之后再進行DNA的提取。

PBS濃度和PH有要求:濃度是用1x的,PH值是7.4的,一般買回來的PBS是10x的,我們會稀釋到1x。

注意事項:建議優先使用超聲波洗滌。


4. 植物內生菌



送樣量:擴增子干重≥1g;宏基因組干重≥2g;

1)?根據研究目的選取對應的新鮮植物組織;

2)?依次用70%無水乙醇浸泡40s ,再用2.5%次氯酸鈉泡10min?,每100ml 2.5%次氯酸鈉加一滴吐溫80;

3)?無菌水清洗2-3次,-80℃保存。


5. 水體



取樣容器:1.5-50ml離心管

送樣量:擴增子直徑3-4cm濾膜1-2張;宏基因組直徑3-4cm濾膜1-2張;

1)研究目的進行確定水體的取樣深度和范圍;

2)采樣后進行濾膜過濾,選擇合適孔徑的濾膜,對于澄清水體或者略渾濁水體,選用0.22μm或者0.45μm的濾膜,取樣體積大于5L;對于渾濁水體,建議先用大孔徑的濾膜過濾一遍,再用小孔徑的濾膜過濾;

3)水體泥樣的采集提供大于5g樣本;

4)用大體積干冰運輸,且要保證我方在收到樣品開箱檢驗時有足夠的干冰剩余。

注意事項:擴增子項目將3-5L水體過濾到1-2張濾膜(0.22或0.45um)后裝入到離心管中;宏基因組項目將30-50L水體過濾到1-2張濾膜(0.22或0.45um)后裝入到離心管中。


6. 污泥、海洋沉積樣本



1) 活性污泥樣本取自活性污泥裝置中,一般取樣量大于20ml,將其置于無菌管中,建議立即提取后-80℃保存;

2)海洋沉積樣本根據研究目的進行取樣,一般建議取1kg 以上的沉積物裝入塑料袋中,低溫運輸并盡快進行提取-80℃保存。

注意:活性污泥樣本等一般建議及時提取,樣本體積較大,長時間-80℃保存,一方面儲存不便,另一方面凍融提取也比較困難,加大了實驗工作量及難度。建議提取后保存DNA即可。


7. 空氣



1)?抽取針對實驗目的的空氣微顆粒,用不同孔徑大小的無菌濾膜篩選目的顆粒(將含顆粒過濾膜裝入無菌鋁箔內,密封在-80℃長期保存);

2)?截取適量大小過濾膜,置于含有1xPBS 緩沖液的50ml離心管;在4℃條件下,加速度離心2h;

3)?溫和旋渦處理,0.2μm 的Supor 200 PES Membrance Disc Filter 過濾紙重懸液。

注意:由于樣本特殊,微生物含量較少,建議多保管備份保存。


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? ? ? 文案 | ?董航 ? ? ? ?

編輯 | 王小紀


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